2022年2月18日 星期五

DSSAT 作物參數 - 以玉米為例

上一篇提到DSSAT模型裡面包含品種 (Cultivar, CUL)、生態型 (Ecotype, ECO) 與物種 (Species, SPE) 等3個階層的作物參數,我們就可以體會到作物模式對於不同的外表徵狀變異性有其認知,我們可以觀察到大概是以下的架構

物種 (Species)
生態型 (Ecotype)
品種 (Cultivar)

越下層的特性就越容易改變。也就是說,不同的品種會有個別的品種參數,但可能會有不同的生態種參數,可能只有一個物種參數。

接下來我們要以玉米為例,從品種依序往上介紹,我們會談到 CERES-MAIZE 與 CSM-IXIM兩個玉米模型的參數。


品種參數 (Cultivar)

這邊我們先觀察MZCER047.CUL與MAIXM047.CUL兩個檔案,來了解品種參數的項目

CERES-MAIZE 的品種參數如下:

@VAR#  VRNAME......... EXPNO   ECO#    P1    P2    P5     G2    G3    PHINT
!                                       1     2     3      4     5     6
PC0001 2500-2600 GDD        . IB0001 160.0  0.750  780.0  750.0  8.50  49.00
CSM-IXIM的品種參數如下:

@VAR#  VRNAME......... EXPNO   ECO#    P1     P2      P5    G2    G3    PHINT    AX   ALL
!                                      1      2       3     4     5       6      7     8
IB0035 McCurdy 84aa         . IB0001 260.0  0.300  955.0  700.0  8.50  43.00   770.  930.  


從上面可以看到,CSM-IXIM比CERES-MAIZE多了AX與ALL兩個最大葉的參數,其他的參數相同,以下我們就來一一介紹參數的定義

P1:萌芽至幼齡期結束的累積溫度值 ,選用幼齡期結束是因為這段期間的發育不受光週期所影響

P2光週期敏感係數,光週期超過最大日長 (12.5 小時),日長每增加1小時,發育週期延長的日數,以日為單位。

P5吐絲至生理成熟期積溫值

G2潛勢籽粒數,每株玉米最大的可能粒數 (no. /plant)

G3潛勢籽粒生長速率,最適生長條件下籽粒重量的線性增加數率 (mg/day)

PHINT出葉間隔,每個葉尖出現所需經歷的累積有效溫度值 (GDD/leaf tip)

AX:最大葉的葉面積 (cm2/leaf)

ALL:最大葉的壽命 (累積溫度值)

值得注意的是,CERES-MAIZE與CSM-IXM都是以8°C作為基礎溫度計算有效溫度。

生態型參數 (Ecotype)

生態型參數

TBASE:基礎溫度,低於該溫度發育就停止 (預設值為 8)

TOPT:最適溫度,營養生長期當中發育速率最快的溫度 (預設值為 34)
ROPT:最適溫度,生殖生長期當中發育速率最快的溫度 (預設值為 34)

P2O:光週期影響的門檻值,當日長低於此值即不會影響發育速率,單位小時 (預設值12.5)

DJTI:光週期鈍感生態型,從幼齡期 (Juvenile) 結束到雄穗分化 (Tassel initiation) 所需的日數 (預設值4)

GDDE:每1公分的播種深度出土所需的累積溫度,單位是 GDD/cm,可以視為是胚軸的生長速率倒數 (預設值 6.0)

DSGFT:吐絲期到有效籽粒充實期所需的累積溫度 (預設值 170)

RUE:輻射利用效率,單位 g plant/MJ PAR (預設值4.2)

KCAN:植冠消光係數 (預設值0.85)

TSEN:會產生葉片低溫寒害的溫度 (預設值6)

CDAY:寒冷天數的參數 (預設值 15)

CERES-MAIZE 程式使用簡單的門檻值累計寒冷天數,當每天的最低溫小於TSEN就會在CDAY這個變數+1,當CDAY超過門檻值的時候,程式就會停止,並且在Warning message說明低溫日數超過門檻值。

以上的參數是CERES-MAIZE和CSM-IXIM都有的參數,以下的參數是CSM-IXM特有的參數。

PSTM:控制ISTAGE 3-4 之間碳水化合物往莖運送的係數,PSTM值越大,越多的碳水化合物進入莖、越少進入葉。預設值為0.4,Heavy Stems 型為0.75、Ligh Stem 型為0.10、Medium Stem 型為0.50。

PEAR:控制穗生長期 (250 GDD before flowering-end ISTAGE 4)碳水化合物進入穗的參數 (預設值為0.15)

物種參數 (Species)

CERES-MAIZE與CERES-IXIM使用相同的物種參數,並分為數個大項,以下針對每一個大項進行說明

溫度效應

DSSAT模式使用梯形方程式來表示效應,共有 TBASE, TOPT1, TOPT2, TMAX等4個係數,相對應的應該是0,1,1,0等數值
PRFTC:光合作用的溫度參數,模式值是6.2, 16.5, 33.0, 44.0
RGFIL:相對籽粒增加速率的溫度參數,模式值是5.5, 16.0, 39.0, 48.5

光合作用係數

PARSR:太陽輻射量(Solar radiation)轉換為光合有效輻射(PAR)的參數,模式值為0.5

CO2X, CO2Y:二氧化碳濃度效應參數,從GROSUB可以找到以下的指令,可以了解到模式認為不同CO2濃度下有不同的輻射利用效率,利用 PCO2 這個係數來表示輻射利用效率

PCO2  = TABEX (CO2Y,CO2X,CO2,10)
! JIL 08/01/2006 Intercepted PAR (MJ/plant d)
IPAR = PAR/PLTPOP * (1.0 - EXP(-LIFAC * LAI))
PCARB = IPAR * RUE * PCO2
程式碼的預設值如下
  CO2X     0   220   280   330   400   490   570   750   990  9999
  CO2Y  0.00  0.85  0.95  1.00  1.02  1.04  1.05  1.06  1.07  1.08

CANH:潛勢植冠高度,單位公尺 (m),模式預設值2.0

逆境反應 Stress response

FSLFW:植株受到100%水分逆境時葉面積萎凋比例,單位1/day,預設值0.05
FSLFN:植株受到100%缺氮逆境時葉面積萎凋比例,單位1/day,預設值0.05
FSLFP:植株受到100%缺磷逆境時葉面積萎凋比例,單位1/day,預設值0.05

種子生長參數 Seed growth parameters

SDSZ:最大潛勢籽粒重,單位mg/sd,預設值0.2750
RSGR:相對種子生長速率,小於該值時植物會提早成熟,預設值0.1
RSGRT:種子相對生長速率小於RSGR引起提早成熟的連續日數,預設值5
CARBOT:因為缺水、缺氮或溫度逆境,使得CARBO小於0.001導致植株提早成熟之連續日數,預設值7
DSGT:播種到萌芽最長天數,超過該值種子就會死亡,預設值21
DGET:種子萌芽到出土最長的積溫,超過此值種子就會乾旱死亡,預設值150
SWCG:種子萌芽所需的最低有效水分含量值,單位cm3/cm3,預設值0.02

出土的初始狀態 Emergence initial condition

STMWTE:出土時莖乾重,單位g/plant,預設值0.2
RTWTE:出土時根乾重,單位g/plant,預設值0.2
LFWTE:出土時葉乾重,單位g/plant,預設值0.2
SEEDRVE:出土時種子儲存的碳水化合物,單位g/plant,預設值0.2
LEAFNOE:出土時的頁數,單位個/plant,預設值1
PLAE:出土時的葉面積,單位cm2/plant,預設值1

氮參數 Nitrogen parameters

TMNC:plant top minimum N concentration,單位g N/g dry matter,預設值 0.0045
TANCE:出土時地上部的氮含量,單位g N/g dry matter,預設值0.044
RCNP:根的極限氮濃度(critical N concentration),預設值0.0106
RANCE:出土時根的氮濃度,g N/g root,預設值0.022
CTCNP1:Maximum value for critical tissue N concentration (in developing seed embryo),預設值1.52
CNCNP2:生長期濃度的轉換係數,預設值0.16

葉面積參數 Leaf area parameters

A3, A4, AK:葉面積延展參數,預設值分別為-4.5, 1.1, 0.174,
YK, YLL:葉片壽命參數,預設值分別為0.037, 145
SLAX, SLAMX, SLAMN:比葉面積參數,預設值分別為380,750,270


ISTAGE 代碼

CERES-MAIZE 與 CSM-IXM 的都使用一樣的ISTAGE代碼

7    Sowing date      播種日期
8    Germination      發芽
9    Emergence        出土
1    End Juvenile      幼齡期結束
2    Panicle initiation        幼穗期
3    End leaf growth          葉片生長結束結束
4    End panicle growth    雄穗生長完成
5    Grain fill                     籽粒充實
6    Maturity                      成熟期


2022年2月17日 星期四

DSSAT - 建立新品種參數

作物參數概述

DSSAT的作物參數都在Genotype 檔案夾當中,每個模型有個別的資料檔,如果有不同的品種就可在資料檔中使用筆記本進行修改,須留意DSSAT模式對於資料的位置相當嚴格,推測程式先把每行讀成字串,再依據位置進行解析。

每個模型都有3個檔案,以CERES-MAIZE為例,MZCER047有3個附檔名:

  1. 品種參數 (CUL):副檔名來自品種 (Cultivar) 縮寫,是主要的參數調整資料夾,包含P1、P2、P5、G2、G3、PHINT等參數,新的品種應該有其獨特的參數;
  2. 生態型參數 (ECO):副檔名來自生態型 (Ecotype) 的縮寫, 包含與發育相關的溫度參數,如基礎溫度、最適溫度,以及生長相關的參數,如輻射利用效率 (RUE)。
  3. 物種參數 (SPE):副檔名來自物種 (species) 縮寫,包含光合作用溫度參數、二氧化碳參數、逆境參數、萌芽與出土速率參數、氮與磷濃度參數、根生長參數等;

其中1個檔案中可以有多個品種參數與生態種參數,僅有1個物種參數,詳細的內容可以參閱另一篇文章。

調整品種參數方法

改變品種參數的方法其實很簡單,只需要在cul的附檔名加上新的品種,並輸入相關的參數就可以了,步驟如下:

1. 打開 C:\DSSAT47\Genotype

2. 選擇MZCER047.CUL

MZCER047就是CERES-MAIZE version 4.7的縮寫


















3. 手動編輯
依序輸入品種代號(VAR)、品種名稱(VRNAME)、生態種代號(ECO#)、以及品種參數。需要特別留意資料的對齊。



DSSAT 跑模式

建議土壤資料和氣象資料建立後,再利用Crop Management Data的按鍵建立實驗資料檔


1. 點擊 "Crop Management Data",選擇File -> New



2.選擇 Experimental,依序填入試驗機關代碼(Institute code)、區域代碼(site code)、年度(Year)、實驗數量(Experimental number)

Institute只能是兩碼的英文字(尚未確定數字是否可行)

完成後按Next

3. Environment 

4. 初始狀態




5. Cultivar

這邊選擇栽種的作物



6. Planting


7. Irrigation

8. Fertilizer


9. Tillage



10. Soil Analysis


11. Simulation Options


12. Refresh

之後就可以關掉視窗

13. 回到主畫面


14. 按Run

選擇Run model



肥料成分計算

很早以前肥料是先灰化再進行成分分析,因此對於那一些不揮發的元素,通常會使用氧化物的型態進行表示,例如磷就使用P2O5 、鉀則使用K2O 肥料1,肥料品目為硝酸鈣 (Calcium nitrate) 銨態氮              1.26 % 硝酸態氮        13.5...